Bio-informaticien(ne) – H/F

31000 Toulouse, Occitanie
CDD

A propos de Nous

Au cœur de la région Occitanie Ouest et d’une agglomération au taux de croissance démographique soutenu, le Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Toulouse est la structure sanitaire de référence sur son territoire, reconnu au niveau national comme le 1er établissement public hospitalier de France (dernier palmarès du journal Le Point).

Constitué de plusieurs sites répartis au nord et au sud de la ville, le CHU de Toulouse est un des premiers employeurs de la région, accomplissant ses missions de soins, de prévention, d’enseignement et de recherche grâce à près de 4 000 médecins et 12 000 personnels hospitaliers (soit près de 16 000 personnes au service de la santé). Il prend en charge environ 280 000 patients et réalise 900 000 consultations externes chaque année, ce qui le situe au quatrième rang des hôpitaux français en matière d’activité.
Le CHU de Toulouse propose divers profils au sein de ses 14 pôles médicaux, ses 5 pôles médico-techniques mais également dans ses directions supports (administration générale, ressources matérielles et recherche).

La Cellule Bio-informatique du CHU de Toulouse regroupe des bio-informaticien-ne-s travaillant sur la mise au point et le support aux analyses de données de biologie moléculaire dans le cadre du soin. Elle développe/déploie des workflows dédiés au différents types d’analyse des laboratoires : variants, méthylation, quantification d’expression, CNV, MSI, etc. Elle fournit des outils de visualisation et d’interrogation de données. Elle assure l’automatisation de la gestion des analyses et de l’archivage des données. Enfin, elle accompagne les personnels dans l’analyse des résultats de séquençage.

Nous recrutons un(e) Bio-informaticien(ne) en séquençage à Haut débit (NGS), en CDD d'un an à temps complet sur le site de l'Oncopole.

Votre mission, si vous l'acceptez

Activités spécifiques du poste :

  • Apporter une expertise bio-informatique aux équipes médicales et techniques pour orienter les choix technologiques et techniques liés à la mise en place de nouvelles techniques de biologie moléculaire.

  • Concevoir, développer, déployer et améliorer les solutions d’analyse des données de séquençage à haut débit destinées à l’interprétation médicale ainsi qu’au pilotage et à la validation de la production des résultats.

  • Accompagner les équipes médicales et techniques dans l’utilisation des outils bio-informatiques et l’analyse des résultats, notamment en approfondissant les analyses en cas d’ambiguïté d’interprétation et en contribuant à la résolution des problèmes de production.

  • Former les utilisateurs aux outils bio-informatiques nécessaires à la production et au rendu des résultats patients.

  • Assurer le maintien en condition opérationnelle des flux de données et des traitements bio-informatiques, notamment par l’identification et la correction des anomalies.

  • Recueillir et relayer les besoins et les perspectives d’évolution des laboratoires lors des réunions de travail de la Cellule Bio-informatique.

Le profil que nous recherchons

Vous détenez un diplôme d'ingénieur en bio-informatique ou de niveau Bac +5 dans un domaine similaire.

Prérequis souhaités :

  • Vous disposez d'une grande autonomie et de capacité organisationnelle.

  • Vous connaissez les environnements virtuels Conda et les technologies de conteneurisation Singularity/Apptainer ou Docker

  • Vous avez déjà une 1ère expérience réussie dans le domaine médical et/ou en biologie moléculaire

  • Vous connaissez les systèmes de bases de données (PostgreSQL, MongoDB)

Rejoindre le CHU de Toulouse c’est bénéficier :

  • De parcours de développement des compétences riches au travers de la formation continue avec l’accès au Pôle Régional d’Enseignement et de Formation aux Métiers du Soins, et de mobilités internes possibles tout au long de votre carrière.

  • D’un environnement de travail éco responsable et de qualité avec des facilités d’accès (crèches, transport en commun, parking).

  • De la prise en charge de 75% des frais des abonnements Tisséo, Sncf et VélÔToulouse.

  • D’un CE/CGOS : prestations sociales, aides remboursables logement, CESU, chèques vacances, voyages, chèques culture.

  • Restaurant du personnel et repas à emporter (Prix unique : 4€15).

  • 25 CA + 3 CA soumis à conditions et de 19 RTT soit 9 semaines.

Intégrer le CHU de Toulouse, c’est participer au quotidien à une offre de soins d’excellence et de proximité en réponse aux besoins de la population.

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    En postulant à une offre d’emploi des Hôpitaux de Toulouse, responsable du traitement, et conformément aux articles 38 et suivants de la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, vous nous autorisez à collecter vos données personnelles et à les utiliser dans le cadre d’un processus de recrutement et de toute procédure d’embauche. Vous disposez notamment d’un droit d’accès, de suppression, de rectification et d’opposition aux informations qui vous concernent en en vous adressant à drh-recrutement@chu-toulouse.fr.